Los manglares constituyen sitios de anidación de aves, parada para aves migratorias y centros de reproducción para numerosas especies marinas.

La importancia de estos ecosistemas radica en la protección de etapas tempranas del ciclo de vida de algunos peces y crustáceos de importancia comercial, por lo tanto, su influencia se extiende más allá del manglar. Estos contribuyen, además, a controlar y estabilizar la erosión costera, evitando la acción del viento y del agua.

El grado de alteración del manglar varía dependiendo de la región en que se encuentren. Ocurre principalmente por extracción de madera, salinas, camaroneras, crecimiento de la frontera agrícola, turismo, falta de vigilancia y protección legal adecuada y desastres naturales como huracanes o depresiones tropicales. Las zonas de manglar son de gran interés para el ecoturismo. Aquí también se da la caza de mamíferos y reptiles, que viven en el manglar o lo visitan ocasionalmente, tales como cocodrilos, caimanes, iguanas y algunos primates.

En Nicaragua, en la costa pacífica estos bosques se encuentran muy alterados por influencia del hombre. En la costa atlántica se encuentran poco alterados.

En Costa Rica la mayor concentración se encuentra en el Golfo de Nicoya y, en general, en la costa Pacífica.

En Panamá, los manglares del Pacífico están muy alterados a excepción de los parques marinos como Punta Patiño y Playa Agrícola de la Barqueta. En el Atlántico en general están muy conservados, con excepción de áreas en Bocas del Toro, donde están amenazados por proyectos turísticos y en Colón por proyectos industriales.

Creado en 1994, sobre el golfo del mismo nombre, al sur de los extensos manglares de la bahía de los Muertos y cuenta con 14,740 hectáreas de islas y aguas marinas en el Pacífico occidental panameño. El área protegida es conocida como el archipiélago de las islas Páridas. Comprende áreas insulares, marinas y costeras. Su propósito es el de conservar estos ecosistemas y mantener la diversidad de flora y fauna. El reptil más abundante es la iguana verde y el anfibio más común es la ranita verde y negra. La riqueza del mar que rodea al archipiélago con sus arrecifes de coral y sus praderas marinas es lo más significativo del parque nacional.

El Parque Nacional creado en el año 1985, está formado por manglares, zonas costeras y áreas completamente deforestadas, ocupa una franja litoral sobre el Pacífico entre las desembocaduras de los ríos santa María y Parita, en la bahía del mismo nombre con una extensión de 8,000 hectáreas, de las cuales 3,000 corresponden al ecosistema marino, 3,500 a una zona albina semidesértica y 1,500 a un área de suelos fragmentados. El área protegida se extiende sobre una zona completamente deforestada con un importante asentamiento precolombino que data de 11 mil años de antigüedad. El proceso de salinización de los suelos del Parque ha conformado un paisaje desértico de características singulares en esta parte del trópico americano. El Parque posee en su sección costera bosques de manglares que son el hábitat ideal para la reproducción de camarones y otras especies marinas. Es considerado como una de las zonas más secas del país. Se han censado 162 especies de aves migratorias.

Creado en el año 1991, el Parque Nacional Coiba constituye por su extensión de 270,125 hectáreas, de las que 216,543 son marinas. Protege ecosistemas marinos, insulares y costeros. La isla de Coiba presenta varias especies endémicas, más del 80% de la Isla está cubierta por vegetación original, posee manglares de significativa magnitud, en ella llegan a desovar al menos 3 especies de tortugas marinas y tiene algunos de los mejores arrecifes coralinos del pacífico panameño. Los bosques primarios son los que predominan en Coiba. Se han censado 1,450 especies de plantas vasculares; existen 36 especies de mamíferos, 147 de aves y 39 especies de anfibios y reptiles. En la bahía de Damas se localiza el arrecife de coral segundo más grande del Pacífico centro oriental y el mayor de toda la región centroamericana. Los mares de Coiba conocidos tradicionalmente por su abundante especies como el tiburón ballena, el tiburón tigre, la manta raya, el dorado, la tuna de aleta amarilla, ballena yubarta, la orca y el delfín moteado tropical.

En Guatemala, el humedal Manchón-Huamuchal que se encuentra en los departamentos de San Marcos y Retalhuleu, cerca de la frontera de México, posee el remanente de manglar, en el ámbito nacional de mayor extensión y en mejor estado. En el Atlántico.

En El Salvador, la Barra de Santiago, Bahía de Jiquilisco, El Amatal en San Diego (La Libertad), Golfo de Fonseca Y la Barra de Santiago (Ahuachapán).

En Honduras, los manglares del Pacífico.

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