Zona de los volcanes Agua, Acatenango, Santa María, Santo Tomás, Zunil, Atitlán, Tacaná, Tajumulco, Sierra María Tecún, Cajola y la montaña de Cuilco; las cuales comparten algunas especies dominantes como ciprés, encino, aliso y amate. Sin embargo, existen microambientes en los tres conos que han producido la formación de asociaciones vegetales que no se repiten en ningún otro volcán vecino.

A elevaciones medias del Santo Tomás se encuentra la mayor cobertura de latifoliadas de la Región.

Entre los 1,400 y los 2,800 msnm, se presenta el bosque nuboso primario cuyas familias dominantes son: Lauraceae, Betulaceae, Ericaceae, Meliaceae, Moraceae y Tiliaceae.

El sotobosque se compone de pequeñas palmas, helechos arborescentes, bambúes, aráceas terrestres y begonias que cubren una gruesa capa de humus.

En los conos de Atitlán, Tolimán, San Pedro crecen bosques de pino y encino (Quercus skinerii) y plantaciones de café.

La comunidad de epífitas es la más rica del área e incluye: orquídeas, bromelias, cactus, sellaginellas, aráceas, gesneriáceas y peperomias. Por encima de los 2,800 msnm existe un eco tono poblado por cipreses y pinos emergentes, donde también se encuentran asociaciones sub húmedas con presencia de álamo, aliso, roble, laurel y coníferas. A partir de los 3,200 msnm existen pajonales. Por encima de esta elevación en los conos volcánicos se localizan pinos, pinabetes y pastizales.

En la falda del Macizo Zunil se encuentra la única porción de bosque pluvial montano. Hacia el Volcán Santa María existen bosques mixtos de rebrotes de encino y especies invasoras o colonizadoras. En la falda norte del volcán se presentan relictos aislados de bosque de pino, encino y aliso. En la parte salvadoreña también se encuentran bosques nubosos, mixtos y de gimnospermas. Contiene especies endémicas, amenazadas y en peligro. Son zonas de recarga de mantos acuíferos.

En Honduras hay asociaciones de pinares con latifoliadas. En Celaque a 2,850 msnm (Parque Nacional Celaque) se encuentran seis de las siete especies de pinos hondureños, así como Abies guatemalensis, Taxus globosa y algunos endemismos tales como Oreopanax lempiranus. La vegetación es muy típica y propia. La Tigra (Parque Nacional La Tigra) presenta bosque en sucesión avanzada, así como bosques nubosos y constituye la principal fuente acuífera de Tegucigalpa.

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