De este bosque una pequeña sección se encuentra protegida en Belice por la Reserva Natural de Shipstern (privada). En cambio en Guatemala no existen zonas protegidas, aunque se encuentra la propuesta de Río Chiquibul (ubicado en el Peten) que está muy cerca de esta ecorregión. Los ranchos ganaderos, la extracción forestal, el crecimiento poblacional y las presiones de reasentamientos, constituyen amenazas para esta ecorregión. En algunas áreas, el desarrollo asociado al turismo podría conducir también a la degradación ambiental.

La Reserva Natural de Shipstern se localiza en la parte noreste de Belice. La Reserva comprende una extensión territorial de 11'000 hectáreas (aprox. 27'000 acres) y protege una amplia gama de hábitats. Entre los cuales podemos encontrar desde los humedales salinos hasta el bosque húmedo y seco tropical de Yucatán. El cual es considerado uno de los últimos remanentes de bosque tropical seco, encontrado únicamente en cuatro puntos de la Península de Yucatán, y en Belice se encuentra, únicamente en Shipstern.

La Reserva Natural de Shipsten es el hogar de las cinco especies de felinos con las que cuenta Belice, la Danta o Tapir (Tapirus bairdii), en peligro de extinción; y una gran cantidad de especies de plantas y animales, algunas de ellas bastante raras. Un ejemplo, son las casi 300 especies de aves identificadas para la reserva de Shipstern. Desde la creación de la Reserva, algunas especies no solo han regresado sino que se han reproducido de manera exitosa, tal es el caso de la Cigüeña Americana (Mycteria americana).

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